Como reconfiguro Lilo tras haber formateado la particion fat32 en XP.  

Saludos!

CD de instalación, arrancás, montás la partición de Linux, te chrooteas y ejecutás lilo.

algo de eso hice, si me especificas los comandos mejor.
gracias.

Suponiendo que tu partición linux estuviera en el disco slave de la Primer IDE, Partición única:

cd /mnt
mkdir disco
mount /dev/hdb1 /mnt/disco
chroot /mnt/disco /bin/bash


Editado: Corregí un par de cosas que puse mal por apurado.

pero ke te paso, instalaste windows despues de haber instalado linux?