Ya es la segunda vez que me pasa. Se me borran todos los marcadores y tengo que volver a agregarlos uno por uno. Alguien sabe porque? en donde esta el archivo de marcadores? existe algun add-on que sirva para el problema?

lo del add lo desconozco pero a los marcadores los encontrás en C/Archivos de Programa/Mozilla Firefox/Bookmarks

Para recuperar los marcadores buscá en esta carpeta: C:\Documents and Settings\"Tu cuenta"\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles\u5on7x7j.default

En esa carpeta hay un archivo que se llama bookmarks.html, copialo y pegalo en el escritorio. Abrís el Firefox, vas a Marcadores, después Administrar Marcadores, tocás Archivo > importar > de archivo y pones el bookmarks que habías pegado en el escritorio.

En la misma ruta vas a encontrar backup de tus marcadores que hace automáticamente firefox, la carpeta se llama "bookmarkbackups".
Espero que te sirva.

Saludos

Muchas gracias AEP, problema resuelto!! 

Sino tambien existe una extension "febe" que es para hacer backup de marcadores, extensiones, temas, etc.