Buenas. Varias veces me bajé PDF's resaltados, como con resaltador. Quería saber cómo hacer eso.

Gracias 

Para modificar un PDF (en este caso, resaltar) necesitás no el Acrobat Reader sino el Acrobat maker, en mi caso uso el Adobe Acrobat 9 Pro Extended.

La alternativa libre es PDFedit; disponible para windows, bsd, mac y linux.
Tengo entendido que openoffice importa pdf, al igual que gimp, pero no estoy al tanto.

Saludos

Estuve chequeando (pues sabía que OO exporta PDF, pero no que los abra) y efectivamente no provee soporte para apertura y edición de archivos PDF, simplemente exporta los documentos a ese formato.

Por otro lado, en éste post tenés una lista de software libre de ofimatica, entre la que hay programas para manejar PDF's